TaqMan®SNP基因分型技术利用Taq聚合酶的5'核酸酶活性在PCR期间产生荧光信号。对于每个SNP，该分析使用仅在SNP位点序列不同的两种探针，一种探针与野生型等位基因互补，另一种与变异等位基因互补。该技术利用FRET技术，将5'报告基因染料和3'淬灭染料共价连接至野生型和变异等位基因探针。当探针完好无损时，荧光会被抑制，因为淬灭染料位于报告染料的附近。在PCR退火步骤中，探针与目标SNP位点杂交。在PCR延伸过程中，由于Taq聚合酶的5'核酸酶活性，导致报告染料和猝灭染料被释放，从而导致报告染料的特征荧光增强。核酸外切酶活性仅在完全杂交的探针上发生，因为含有错配碱基的探针不会被Taq聚合酶识别。

在PCR反应结束时，将测量两种报告染料的荧光信号。信号的比率将指示样品的基因型（见图）。